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LDA EffectSize分析 (LEfSE)
【添加時間：2016-09-12 09:33:28】【來源：】【作者：dggadmin】
LEfSE分析可以實現(xiàn)多個分組之間的比較，還進行分組比較的內(nèi)部進行亞組比較分析，從而找到組間在豐度上有顯著差異的物種（即biomaker）。
LDA值分布柱狀圖展現(xiàn)不同組中豐度有顯著差異的物種，柱狀圖的長度代表顯著差異物種的影響大小。進化分支圖由內(nèi)至外輻射的圓圈代表了不同的分類級別(例如從界到屬)。每一個小圓圈代表該水平下的一個分類，小圓圈直徑大小與相對豐度大小呈正比。無顯著差異的物種統(tǒng)一著色為黃色，差異物種按分組顏色著色。
參考文獻：Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.
LDA值分布柱狀圖展現(xiàn)不同組中豐度有顯著差異的物種，柱狀圖的長度代表顯著差異物種的影響大小。進化分支圖由內(nèi)至外輻射的圓圈代表了不同的分類級別(例如從界到屬)。每一個小圓圈代表該水平下的一個分類，小圓圈直徑大小與相對豐度大小呈正比。無顯著差異的物種統(tǒng)一著色為黃色，差異物種按分組顏色著色。
圖1 LDA值分布柱狀圖(A)和進化分支圖(B)
圖2 LEfSE分析顯示不同分組之間的種群豐度差異（以Acidobacteria門為例）
參考文獻：Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.
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